Руководитель организации обладает особым правовым статусом, который характеризуется рядом особенностей. С одной стороны, это лицо, наделенное властными полномочиями по управлению организацией, с другой стороны, это работник, состоящий с работодателем в трудовых отношениях. Двойственность правового статуса является причиной установления трудовым законодательством специальных оснований для расторжения трудового договора с руководителем.

В соответствии с Трудовым кодексом РФ помимо общих оснований увольнения существуют специальные основания для увольнения руководителя:

- смена собственника имущества организации. По этому основанию можно уволить также главного бухгалтера, заместителя руководителя. В случае расторжения трудового договора по данному основанию новый собственник обязан выплатить указанным работникам компенсацию в размере не ниже 3 средних месячных заработков работника;

- принятие необоснованного решения руководителем организации, повлекшего за собой нарушение сохранности имущества, неправомерное его использование или иной ущерб имуществу организации. В обязанности работодателя в данном случае входит доказывание такого необоснованного решения. Это может быть совершение сделки, не соответствующей требованиям закона, при этом должен быть очевиден и причиненный вред. Разумеется, увольнение по указанному основанию должно быть соответствующим образом оформлено: формирование комиссии, расследование обстоятельств, составление актов и т.д. Увольнение руководителя по данному основанию является правом, а не обязанностью работодателя;

- однократное грубое нарушение руководителем организации своих трудовых обязанностей;

- в связи с отстранением от должности руководителя организации-должника в соответствии с законодательством о несостоятельности (банкротстве). В соответствии со статьей 69 Закона о банкротстве, руководитель отстраняется от должности вследствие нарушения требований закона о банкротстве. Для этого арбитражный управляющий направляет в суд соответствующее ходатайство, которое рассматривается судом. При удовлетворении ходатайства арбитражный суд выносит определение об отстранении руководителя от должности. В таком случае органы юридического лица, на которые возложена обязанность заключения договора с руководителем, расторгают этот договор с формулировкой в приказе "в связи с отстранением от должности руководителя организации-должника в соответствии с законодательством о несостоятельности (банкротстве);

- в связи с принятием уполномоченным органом юридического лица, либо уполномоченным собственником лицом (органом) решения о прекращении трудового договора. В установленном законом порядке высший орган организации, либо собственник имущества учреждения, либо иной орган, на который возложена функция заключения договора с руководителем, принимает решение о расторжении такого договора. В случае прекращения трудового договора с руководителем организации в соответствии с п. 2 ст. 278 ТК РФ при отсутствии виновных действий (бездействия) руководителя ему выплачивается компенсация в размере, определяемом трудовым договором, но не ниже трехкратного среднего месячного заработка. Указанная компенсация не облагается подоходным налогом в соответствии с пунктом 3 статьи 217 Налогового кодекса Российской Федерации. Толкование содержания пункта 2 статьи 278 Трудового кодекса РФ в его системной связи не предполагает ничем не ограниченного произвольного усмотрения работодателя в решении вопроса об увольнении руководителя организации, а право прекращения трудового договора с руководителем организации не является абсолютным и ничем не ограниченным правом работодателя. В любом случае работодатель должен указать мотивы принятия решения об увольнении и доказательства в обоснование законности принятого решения;

- по иным основания, предусмотренным трудовым договором. Сюда может относиться практически любая причина, если это установлено трудовым договором с руководителем. К примеру, разглашение определенной информации, даже если она не относится к коммерческой тайне; не достижение определенных показателей; выявление личных родственных связей с кем-то из работников; работа по совместительству в иной организации и т. д.

Увольнение руководителя помимо приказа основывается на решении собственника организации, либо полномочного органа. После смены руководителя организации необходимо внести соответствующие изменения в Единый государственный реестр юридических лиц.